Basilej se díky vydařenému závěru loňského ročníku po dlouhých osmi letech vrátila na švýcarský trůn. Následně však musela hledat náhradu za kouče Fabia Celestiniho, jenž se přesunul do CSKA Moskva. Tradiční klub vsadil na Magnina, pod jehož vedením ale vyhrál pouze tři z posledních 10 ligových zápasů (3-6-1), což nakonec vyústilo v jeho odvolání.
"V týdnech před zimní přestávkou jsme měli pocit, že již nepodáváme konzistentní výkony, které jsou nezbytné pro dosažení našich ambiciózních cílů. První tři zápasy v novém roce také nesplnily očekávání sportovního vedení – navzdory dobré přípravě se zlepšení výsledků nekonalo. Momentálně stále můžeme dosáhnout některých našich cílů. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli učinit tento krok, který pro nás není vůbec snadný," vysvětlil změnu trenéra sportovní ředitel Daniel Stucki.
"Chtěl bych Basileji srdečně poděkovat za skvělých šest měsíců, navzdory všem okolnostem. Mohl jsem pocítit, co tento klub znamená pro město a jeho obyvatele, a samozřejmě je pro mě rozloučení těžké. Přeji celému klubu vše nejlepší do zbytku sezony a děkuji všem, kteří mě během mého působení podporovali," rozloučil se Magnin.
Magnin vedl Basilej do 33 utkání ve všech soutěžích s průměrným ziskem 1,58 bodu na zápas. V minulosti působil jako trenér v FC Curych, rakouském Altachu a Lausanne-Sport.