Do 2. kola stejně jako vloni vstoupí 10 z 16 prvoligových týmů a všechny se tradičně představí venku. Volný los mají účastníci evropských pohárů - Slavia, Sparta, Plzeň, Hradec Králové a Jablonec. Rovněž až ve 3. kole zasáhne do MOL Cupu Sigma Olomouc coby vítěz nadstavbové skupiny o umístění z minulé prvoligové sezony.
Karviná v květnu ve finále minulého ročníku poháru porazila Jablonec, do nové sezony vstoupila už jako druholigový tým, neboť byla kvůli účasti v korupční kauze vyloučena z nejvyšší soutěže. Slezané zároveň po triumfu v MOL Cupu přišli o účast v závěrečném předkole Evropské ligy a v soutěžích UEFA je nahradil Jablonec.
Čtyři celky z nejvyšší soutěže dostaly v druhém kole třetiligového soupeře. Pardubice se představí v Písku, kde v roce 2017 vypadly v poháru na penalty. Tehdy však ještě nehrály první ligu.
Bohemians 1905 se s nadcházejícím soupeřem rovněž v minulosti utkali, přes Zápy postoupili v letech 2012 a 2019. Také Zlín na Uničov v MOL Cupu již dvakrát narazil, v roce 2023 zvítězil těsně 2:1. Nováček nejvyšší soutěže Artis Brno zavítá do Uherského Brodu.
Baník proti Spartě
Zbylá šestice prvoligových mužstev si zahraje se soupeřem ze čtvrté nejvyšší soutěže. Liberec se představí v Přepeřích, Baník Ostrava v Brně proti tamní Spartě, Zbrojovka nastoupí ve Frýdlantu nad Ostravicí, Mladá Boleslav v Praze proti Meteoru, Teplice v Křimicích a Slovácko ve Velké Bíteši.
Ve 2. kole zasáhne do hry 52 mužstev, oficiálním úředním termínem je středa 26. srpna. Přesný program bude znám až později, některé zápasy se nicméně odehrají i v jiných dnech. Vítěz MOL Cupu bude mít stejně jako v minulé sezoně jistotu účasti v hlavní fázi evropských pohárů.