Těsně po druhé světové válce byl Busby jmenován koučem Manchesteru United a stal se synonymem úspěchu klubu. V roce 1952 získali United první titul od roku 1911 a teprve třetí ve své historii. V 50. letech dosáhli mnoha dalších velkých triumfů. Busby velmi věřil mladým hráčům, proto si jeho celek vysloužil přezdívku Busby Babes a v letech 1956 a 1957 slavil další dva tituly.
Také sezona 1957/58 probíhala podle plánu, když se tým umístil v popředí ligové tabulky a v prvním kole PMEZ vyřadil irský Shamrock Rovers. V další fázi pak přešel přes silnou Duklu Praha a ve čtvrtfinále se utkal s tehdejší jugoslávskou Crvenou Zvezdou Bělehrad.
V úvodním klání na Old Trafford otočili United skóre z poločasových 0:1 na 2:1 a do Bělehradu letěli obhajovat vítězství. A díky skvělé první půli vedli 3:0 – dvakrát se trefil Bobby Charlton a jednou Dennis Viollet. Díky trefám svých dvou největších hvězd už Busby Babes vyhlíželi semifinále.
Ačkoli se Crvene zvezdě podařilo během druhého poločasu vyrovnat na 3:3, z postupu se radovali United a s věkovým průměrem 22 let se o nich mluvilo jako o týmu, který bude v příštích letech dominovat evropskému fotbalu. Zpáteční cesta z Jugoslávie se však změnila v tragédii...
Mnichovská katastrofa
Den po zápase v Bělehradě, ve čtvrtek 6. února 1958, muselo letadlo British European Airways s hráči, vedením Manchesteru, několika novináři a fanoušky na palubě přistát v Mnichově, aby doplnilo palivo. Cesta z dějiště utkání domů byla pro daný stroj dlouhá, mezipřistání bylo plánované.
Únorové počasí však mnichovské letiště zaválo spoustou sněhu. Ten se změnil v břečku, která ztěžovala manévrování letadla po dráze. Přistání se ještě podařilo, když se však po dotankování piloti snažili vzlétnout, nešlo to. První pokus museli přerušit a ani podruhé to nebylo lepší. Protože je tlačil letový řád a nechtěli být pozadu, částečně i kvůli slavným fotbalistům, rozhodli se napnout veškeré své úsilí potřetí.
Ledová kaše na dráze jim však nedovolila nabrat potřebnou rychlost pro vzlet. Stroj narazil do sněhové bariéry, a když prorazil letištní plot, utrhlo se mu levé křídlo. Trup se zastavil až po nárazu do blízkého domu.
V obavě, že by letadlo mohlo explodovat, začal pilot James Thain, který z nehody vyvázl bez vážnějších zranění, pomáhat cestujícím ven. S evakuací ostatních okamžitě začal také brankář Harry Gregg, i když na chvíli upadl do bezvědomí. Šokovaný brankář s krvácející hlavou a nehybnou rukou zachránil mnoho cestujících, včetně spoluhráčů Bobbyho Charltona (tehdy dvacetiletého) a Violleta.
Po chvíli letadlo skutečně vzplálo, stejně jako dům, do nějž narazilo. Naštěstí nikdo z šestičlenné rodiny, které dům patřil, nebyl v tu chvíli uvnitř. Naopak v troskách stroje bylo mnoho obětí. Celkem 20 cestujících zemřelo na místě, další tři podlehli svým zraněním později. Mezi 23 tragicky zesnulými bylo osm hráčů a tři členové realizačního týmu United.
Nehodu přežilo 21 cestujících, mnozí z nich si však následky zranění nesli do konce života. Johnny Berry a Jackie Blanchflower se už nikdy k fotbalu nevrátili. Naštěstí sedm dalších hráčů, včetně brankáře Gregga – hrdiny, který zachránil mnoho životů – mohlo pokračovat ve své kariéře dál.
Z vážných zranění se zotavoval také sám Busby. Dal se sice dohromady fyzicky, bojoval ovšem se svou psychikou. Obviňoval sám sebe. Chtěl totiž pilotům říct, aby neodlétali a počkali na lepší podmínky, jenže nakonec mlčel a neodvážil se zasahovat do jejich činnosti.
Na duši jej tížil také zdravotní stav zraněných pozůstalých. Chodil je navštěvovat do nemocnice a někdy jim musel lhát a tvrdit, že jejich spoluhráči jsou v pořádku, i když byli mrtví. Busby proto zvažoval odchod z klubu, nakonec ho však k setrvání přesvědčila manželka, která mu řekla, že musí pokračovat na počest hráčů a kolegů, kteří v Mnichově přišli o život.
Přesně 10 let po katastrofě, stále pod Busbyho vedením, vyhrál Manchester tehdejší nejprestižnější klubovou soutěž – PMEZ. Ve finále porazil Benfiku Lisabon se slavným Eusébiem v sestavě 2:1 po prodloužení. Oba góly vítězů vsítil Bobby Charlton... Pro něj i pro Busbyho byl zápas velmi emotivní. Triumf jim oběma i celé komunitě United přinesl nesmírné uspokojení.