Před třemi lety odcházel z Edenu potichu a bez většího zájmu. Trenér Jindřich Trpišovský si od jeho příchodu z LASKu Linec v roce 2021 hodně sliboval, jenže Madsen se ve Slavii neprosadil. V ligové sezoně odehrál jen 12 zápasů, gól nedal a postupně vypadl ze sestavy. Jeho jediný soutěžní zásah přišel v domácím poháru proti Zlínu, v Konferenční lize si připsal asistenci proti LASKu.
Po roce tak balil kufry a vracel se do Dánska, kde podepsal smlouvu s Aarhusem. Právě v AGF ale našel ztracenou formu. Rychle se vypracoval v klíčovou postavu týmu a jeho výkony znovu upoutaly pozornost. "Kodaň je největší klub v regionu, touha po titulech a evropských zápasech mě táhne dopředu. Nemůžu se dočkat, až si zahraju před fanoušky v Parkenu," prohlásil Madsen po podpisu smlouvy v FC Kodaň.
Sportovní ředitel klubu Sune Smith-Nielsen přiznal, že klub záložníka sledoval dlouhodobě. "Mads Emil dlouhodobě potvrzuje kvalitu v Superlize. Přináší zkušenosti, fyzickou sílu i herní inteligenci. Umí pracovat na obou koncích hřiště a přesně ví, co soutěž obnáší," uvedl. Trenér Jacob Neestrup dodal, že Madsen zapadne okamžitě: "Dává hře tempo, umí se pohybovat mezi liniemi a je silný i v defenzivní práci. Od prvního dne bude patřit k užší sestavě.“