Sobotní program Velké ceny narušil déšť, kvůli němuž musela být kvalifikace odložena a poté i přerušena. Na mokré trati byl jasně nejrychlejší Arón Canet ze Španělska, jenž vyhrál s náskokem sedmi desetin před Britem Jakem Dixonem. Salač, který zajel pátý čas i v jediném pátečním tréninku, na Caneta ztratil téměř 1,2 sekundy.
"V kvalifikaci byla přilnavost oproti rannímu tréninku o dost menší, celkově podmínky byly složité. Čekali jsme, jestli nás vůbec pustí na trať, protože to bylo pozastavené. Na trati bylo opravdu hodně vody," uvedl v tiskové zprávě Salač. "Měl jsem strach, protože to fakt hodně klouzalo. Čekal jsem, že z toho každou zatáčku vystoupím, jak jsem jel na hraně. Každopádně jsem moc rád za druhou řadu do závodu, protože i na suchu jsme tady včera byli rychlí."
V královské třídě MotoGP získal po třech letech pole position šestinásobný mistr světa Marc Márquez, jenž se minulý víkend v Aragonii vrátil do MS po téměř čtyřech měsících a operaci paže. Hvězdný Španěl z továrního týmu Honda vyhrál kvalifikaci naposledy právě v Motegi v roce 2019, kdy se Velká cena Japonska jela před koronavirovou pandemií naposledy.
V první řadě Márqueze doplní Francouz Johann Zarco s ducati a Jihoafričan Brad Binder s KTM. Mistr světa a lídr šampionátu Fabio Quartararo odstartuje z devátého místa, tři příčky před svým nejbližším pronásledovatelem v MS Francescem Bagnaiou.